Naturalne zeolity sprawdziły się w przemysłowych i miejskich zakładach uzdatniania wody.
Zeolity mogą neutralizować niechciane kationy w wodzie pitnej (Pb, Cd, NH4+, Cu, As, Tl, etc.). Ich skuteczność jest uznana w eliminacji niektórych metali ciężkich i pierwiastków promieniotwórczych w wodach przemysłowych oraz w usuwaniu żelaza i manganu w wodach wiertniczych.
Zeolity są zdolne do pozytywnego działania w oczyszczaniu fosforanów w ściekach, i po dokonaniu pewnych modyfikacji, stają się niezwykle skuteczne w eliminacji tych fosforanów w wodach słodkich i słonych.
Zeolity znacznie zwiększają aktywność biologiczną w aerobowych systemach oczyszczania. Pozwalają również na skuteczne oczyszczanie in situ zbiorników wodnych w fazie eutrofizacji i zamulania, a tym samym zmniejszają uciążliwe zapachy.